Le nom de famille Bouchon est principalement d'origine française et est susceptible de provenir de plusieurs sources, le plus souvent liées à une profession ou à un lieu.

• Nom de profession (Aubergiste / Tenancier de taverne) : C'est l'une des origines les plus courantes et les plus anciennes. Au Moyen Âge, un « bouchon » désignait une petite auberge, un cabaret ou une guinguette. Ces établissements étaient souvent signalés par un "bouchon" (une botte de rameaux, de feuillage ou un branchage) suspendu au-dessus de la porte en guise d'enseigne. Le nom aurait donc été attribué à une personne qui tenait une auberge, travaillait dans une taverne, ou vivait à proximité d'un tel lieu.
• Nom de profession (Fabricant / Vendeur de bouchons) : Le mot « bouchon » signifie également un liège ou un dispositif servant à fermer une bouteille. Le nom pourrait alors désigner un fabricant ou un vendeur de bouchons, une profession liée à l'industrie du vin, des boissons ou de l'embouteillage.
• Nom topographique ou de lieu : Moins fréquent, il pourrait désigner une personne originaire d'un lieu-dit nommé « Bouchon », ou habitant un endroit caractérisé par une particularité physique (comme un petit bois, un bosquet ou un buisson dense) qui lui aurait donné ce nom.

L'origine liée à l'aubergiste ou au tenancier de taverne est souvent considérée comme la plus probable et la plus répandue pour ce patronyme.