L'origine du nom de famille Gaouyer est principalement bretonne, avec une forte concentration historique observée dans les départements du Finistère et des Côtes-d'Armor.

Son étymologie exacte n'est pas établie avec certitude et fait l'objet de plusieurs hypothèses, comme c'est souvent le cas pour les noms de famille anciens et très régionaux. Il est souvent considéré comme une variante orthographique ou dialectale du nom Gouyer.

Parmi les pistes explorées pour son origine, on trouve :

• Une origine toponymique : Le nom pourrait désigner une personne originaire d'un lieu-dit (hameau, village, lieu géographique) dont le nom contenait un élément tel que "gaou" ou "gouy". Ces éléments pourraient avoir fait référence à des caractéristiques topographiques spécifiques (par exemple, un lieu marécageux, un passage, un poste défensif, bien que le sens précis se soit perdu avec le temps).
• Une origine professionnelle : Une autre hypothèse le relie à un terme breton ancien ou dialectal comme "gouy", qui pouvait désigner un pieu, un poteau, ou encore un sillon, une rigole. Dans ce cas, le nom Gaouyer aurait pu être attribué à une personne exerçant un métier lié à ces éléments, comme un fabricant ou un vendeur de pieux, ou un ouvrier agricole travaillant les sillons.

L'évolution des langues régionales et les diverses formes dialectales en Bretagne rendent souvent complexe la détermination d'une étymologie unique et définitive pour de tels noms.