L'étymologie du nom de famille Mouchelin dérive très probablement du mot français « mouche » (l'insecte).

Le suffixe « -lin » est un diminutif courant en français, souvent utilisé pour suggérer « petit », « jeune », ou une certaine affectation. Ainsi, « Mouchelin » signifierait littéralement « petite mouche ».

Dans le contexte des noms de famille, qui ont souvent leur origine dans des surnoms, plusieurs interprétations sont possibles :

• Il pouvait être un surnom donné à une personne petite, agile, vive et rapide comme une mouche.
• Parfois, il pouvait désigner quelqu'un de léger, d'insignifiant, ou même d'un peu importun (qui « vole » autour).
• Moins fréquemment, et de manière plus ancienne, le mot « mouche » pouvait aussi désigner une tache de beauté (un grain de beauté ou un petit morceau de velours noir appliqué sur le visage). Dans ce cas, « Mouchelin » ferait référence à une petite tache ou à une personne en ayant une. Cependant, l'interprétation liée à l'insecte est la plus courante et la plus acceptée pour l'origine de ce type de nom.

Comme beaucoup de noms de famille anciens, son origine exacte peut varier selon les régions et les histoires familiales spécifiques, mais l'hypothèse du surnom lié à la « mouche » reste la plus probable.