L'étymologie du nom de famille Malgogne est complexe et moins clairement documentée que d'autres patronymes. Son origine est probablement régionale et pourrait découler de plusieurs interprétations basées sur les racines du vieux français.

Le nom semble être composé de deux éléments distincts :

• Le préfixe "Mal-" : Très courant dans la toponymie et les surnoms anciens, il indique généralement un sens négatif, signifiant "mauvais", "pauvre", "difficile", "mauvaise" ou "malheureux".
• L'élément "-gogne" : Cette partie est plus énigmatique. Elle pourrait avoir plusieurs origines :
  • Toponymique : Il est possible que "-gogne" provienne d'un ancien mot dialectal désignant un type de terrain, une caractéristique géographique (par exemple, des zones marécageuses, des creux, des lieux peu propices). Dans ce cas, "Malgogne" désignerait alors un "mauvais lieu", un endroit difficile à cultiver, peu fertile ou inhospitalier.
  • Dérivé d'un surnom : Moins probable sans plus de contexte, mais des termes apparentés ont pu exister pour décrire une personne "mal gognée", dans un sens figuré (par exemple, malhabile, mal faite, de mauvaise humeur ou de pauvre apparence), bien que cette interprétation soit plus spéculative pour un nom de famille.

La théorie la plus répandue est que Malgogne est un nom d'origine toponymique, désignant une personne originaire d'un lieu-dit (une localité, une ferme, un quartier) portant ce nom, lequel décrivait un site "mauvais" ou "difficile" en raison de ses caractéristiques géographiques ou de la qualité de ses terres. Sans des archives précises pour ce patronyme, ces pistes restent des hypothèses éclairées basées sur les modèles de formation des noms de famille français.